Dans le Tome 2, Sandaime nous éclaire quelque peu sur le fonctionnement de ce système propre aux ninjas.

" Ecoute bien ! Le village reçoit chaque jour de nombreuses demandes.
L'éventail est très large, cela va de la garde d'enfant à l'assasinat. Nous dressons la liste de ces diverses missions puis nous les répartissons en quatre catégories A, B, C et D, en fonction de leur niveau de difficulté.
Les ninjas du village sont aussi classés dans une hiérarchie établie en fonction de leurs capacités.
C'est moi qui me trouve au sommet, puis l'on passe aux Jounins, aux Chuunins, et tout en bas, les Genins.
C'est aux personnes de catégorie supérieur qu'il appartient de distribuer les missions aux autres ninjas, selon leurs capacités respectives.
Enfin, lorsque la mission a été bien accomplie, le demandeur nous verse une rémunération, voilà tout le processus. "

» Hiérarchie Ninja

Hokage > Chef [Sandaime]
Jounin > Elite [Kakashi]
Chuunin > Commandement [Fréquent, Iruka]]
Genin > En cours d'apprentissage [Naruto]

» Distribution des missions

Mission de niveau S > Jounin, Hokage
Mission de niveau A > Jounin
Mission de niveau B > Chuunin, Genin [Rare]
Mission de niveau C > Chuunin, Genin
Mission de niveau D > Genin